锐赛生物

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SNP 检测

SNP detection



尝试道理


单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是指基因组上单个核苷酸的变异,人类基因组均匀每1000个就有一个SNP。它是由基因组DNA某一特定核苷酸地位上单个碱基的转换、颠换、拔出或缺失引发的点渐变,使得群体之间和个别之间发生了差别。此中转换和颠换发生频次较高,转换是指同型碱基之间的转换,即嘌呤与嘌呤、嘧啶与嘧啶间;颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间的替代。现实上转换的发生频次占大都,且CG序列上呈现的SNP最为频仍,并且多是C转换为T(见图5.5),缘由是CG中的C常由于甲基化自觉地脱氨基后即成为T。


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图5.5SNP转换表现图(C转化为T)


手艺利用


SNP作为第三代遗传标记,在庞杂疾病的基因定位、接洽关系阐发、个别疾病易理性阐发与药物基因组学的研讨中发辉了主要的感化。除医学研讨外,SNP已逐步触及遗传学、生态学、作物育种浩繁邻域。研讨工具也由人类扩大到有主要经济代价和研讨代价的动植物、微生物等。


尝试流程


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什物

数据信息

尝试周期

客户供给

待测样本

待测序列SNP位点信息

5周

咱们供给

根基尝试步骤、测序报告


尝试功效展现


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              5.6基因组DNA抽提电泳图                                        图5.7方针基因的PCR扩增电泳功效


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图5.8方针基因SNP测序功效


TROUBLESHOOTLNG


尝试题目

缘由

保举处置体例

基因组DNA电泳条带弥散?

样本降解

从头抽提基因组DNA

没法扩增到方针条带?

PCR反映前提不佳

优化PCR反映前提,如进步酶量,下降退火温度。进步模板量等。

测序功效双峰或乱峰,没法阐发?

样本不纯

PCR产品必须接纳胶收受接管,确保不过特同性条带及引物残留。


罕有题目FAQ


Q:罕有的SNP测定体例有哪些,优错误谬误是甚么?

罕有体例

长处

错误谬误

PCR测序法

SNP阐发的金规范,可发明未知SNP位点。

每一个位点均须要PCR扩增测序,本钱较高,任务量大周期长,不合适大样本做疾病接洽关系阐发,且轻易发生穿插净化。

Taqman探针法

合适已知SNP位点、位点数量少、通量高的检测,功效直观清楚,尝试闭管停止,是以削减了PCR净化的危险。

探针分解用度高,周期稍长,不能发明未知SNP位点。

PCR-RFLP

判定按照酶切后发生片断的巨细和数方针变更,手艺简洁,价钱自制,仅利用已知SNP判定,事件少许样本的尝试室检测。

费时吃力,活络度差;仅能检测有酶切位点的SNP,不能肯定何种SNP,无酶切位点不能检测;须要凝胶电泳,DNA链二级布局轻易构成野生真相,使功效呈现误差。

毗连酶检测反映

合用于任何多态性位点,不须要野生引入酶切位点;分型切确,其切确度可达99%以上;检出率高,周期短。适合100-3000个样品,1-20个位点。

需停止多重PCR,多重LDR

ABl3730XL检测。

芯片手艺

与传统的仪器检测体例比拟具备高通量、微型化、主动化、防净化等特色。

仅合用于全基因组SNP扫描,不适合单个基因的SNP位点检测,精度低,价钱高贵。

飞翔时候质谱

(MALDL-TOFMS)

检测速率快,实际上能阐发单个碱基的变更。

纯物理加成易遭到样本身分的多种搅扰,切确度难以保障。适合于已优化的特定SNP检测,检测进程须要多点质控,不然切确度很低。

Lllmina光纤微

珠芯片手艺

肇端样品量请求很低,还能够或许检测多个感乐趣的地区,从而检出罕有的基因渐变。

高通量SNP检测,用于SNP在全基因组

上的扫描阐发,价钱高贵。

HRM手艺

高通量、简略、疾速、省钱、高活络度;闭管检测,防止净化构成的假阳性;扩增区内已知和未知SNP都能检测;活络度和切确度到达进100%。

今朝唯一多数公司能够供给该项办事。



Q:若何供给待检测的SNP位点信息?

A对于SNP位点的阐发,可按照参考文献给出RS号或指定的一段基因序列,并表明SNP位点。以RS号rs1799946为例,可在NCBL网站SNP选项中搜刮出相干位点信息以下:

A G C C T C T G T C A G C T C A G C C T C C A A A G

[A/G]AGCCAGCCTCTCCCCAGTTCCTGAA

HGVS Names:[NM_005218.3:c.-52G>A]

HGVS是Human Genome Variation Society(人类基因组变异协会)的简称,HGVS定名SNP法的法则是标出援用的核酸序列号(Reference Sequence,RefSeq)和SNP在该核酸序列中的地位,此中NM_005218.3是该核酸序列中的地位,G>A表现原始碱基是G,渐变碱基是A。


Q:若何肯定一个碱基的变异是渐变仍是SNP呢?

A人群中的变异概率大于即是1%则可称之为多态性,小于1%则为渐变。经由过程群体样本的变异概率的数据阐发能够判定是渐变仍是SNP


Q:纯合子、杂合子能否经由过程SNP测序法检测到?

A每一个SNP只要两个等位基因,是以存在纯合子(是指统一位点上的两个等位基因不异的基因型个别,如AA)和杂合子(是指统一位点上的两个等位基因不不异的基因型个别,如Aa)的能够。经由过程测序所得的峰图功效能够分辩是纯合子仍是杂合子,如图5.9所示:

图片3.png

图5.9纯合子和杂合子SNP测序功效表现图


参考文献

1. Erichsen HC,Chanock SJ. SNPs in cancer research and treatment.Br J Cancer 2004,90(4):747-51.

 
 
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